Jelení zvěř je na Šumavě, a tudíž v celé oblasti Boubína, zvěří autochtonní. Její stavy však byly v minulosti redukovány smečkami vlků. Od roku 1756, kdy byl v oblasti uloven poslední vlk, nastalo zvýšení stavů jelení zvěře, což způsobilo nemalé potíže. Docházelo k častým střetům pytláků s mysliveckým personálem, někdy i s tragickými následky. Kromě toho zvěř působila značné škody na polích místních obyvatel, kteří vyžadovali od vrchnosti odškodné. Proto nařídil kníže Schwarzenberg v roce 1790 redukci jelení zvěře na Šumavě, která mu honebně patřila celá, a v roce 1817 její úplné vystřílení. Poslední jelen byl na Boubínsku uloven v roce 1827. Na důvody likvidace se však časem zapomnělo a v roce 1874 byla na Boubín jelení zvěř opět přivezena. Po několikaletém přísném hájení byl první jelen střelen v roce 1886.

Ve snaze omezit škody na zemědělských pozemcích obyvatel byl les postupně oplocován. Toto úsilí bylo ukončeno kolem roku 1900, kdy vznikla obora o výměře cca 3 000 ha. Stavy zvěře v této oboře byly vysoké a asi o 100% převyšovaly normovaný stav 300 kusů. Zvěř tudíž působila značné škody jak okusem, tak i loupáním. Součástí této obory byl bohužel i Boubínský prales, ve kterém byla od této doby prakticky vyloučena přirozená obnova, což vedlo k současné absenci jednoho vývojového stadia v rezervaci.

Obora zanikla v roce 1960 po poškození plotů polomy. Jelení zvěř se postupně rozšířila i do okolních oblastí včetně nižších poloh. Následné přemnožení a nárůst škod bylo nezbytně nutné řešit. Na základě těchto skutečností byl tehdejším PŘ JčSL přijat záměr vybudovat v oblasti Mlynářovic novou oboru pro jelení zvěř. Cílem bylo soustředit chov jelení zvěře do obory a ve volnosti zredukovat stavy na 4 ks/1 000 ha, tj. na stav, při němž nebudou vznikat podstatné škody, a bude možno dosahovat přirozené obnovy. Obora byla dokončena v roce 1976, kdy měla celkovou výměru 2 335 ha. Současně bylo vybudováno 11 krmelišť včetně sklepů na dužnaté krmivo. V prvních letech existence obory byly vybudovány dvě chovné obůrky, jedno odchytové zařízení a soustava posedů pro pozorování a lov zvěře. V roce 1982 byla vybudována mísírna krmiv. Součástí obory jsou i lovecké chaty. V oboře jsou rozsáhlé a udržované sklizňové a pastevní plochy s vrbou a bukem, což skýtá dostatek úživnosti.

Po vyřešení restitučních požadavků města Volary a rozhodnutí o nutnosti snížit poškozování vrcholových partií Bobíka (1 263 m n.m.) jelení zvěří bylo v roce 1995 z obory vyploceno 395 ha, aniž by tím byla negativně ovlivněna úživnost obory. Současná výměra obory činí 1 940 ha, z čehož tvoří lesní půda 1 749 ha.

Obora Boubín je organizačně začleněna pod polesí Mlynářovice, kterým je spravována a obhospodařována. Odbornou mysliveckou a chovatelskou práci zajišťuje oborník. Stará se o každodenní krmení, organizuje a řídí údržbu a budování mysliveckých zařízení, sklizeň luk, obhospodařování políček pro zvěř

Jedním ze záměrů při budování obory bylo soustředit chov jelení zvěře z volnosti do obory, a tím zkvalitnit chov vyhraněného geografického ekotypu šumavského jelena.

Vycházíme-li z historie, pak je nutno si připomenout, že v roce 1817 byla veškerá populace prakticky vystřílena. Další potřeby a zájmy tehdejších majitelů vedly v roce 1874 k tomu, že zde byla jelení zvěř opět vypuštěna. Šlo o zvěř, která pocházela z obor v Hluboké nad Vltavou. Kratochvíli v lánech a z Rakouska. Znamená to, že nešlo v žádném případě o založení čisté západoevropské nebo karpatské populace.

Z genetického hlediska nebyla tedy zvěř uzavřená do obory jednotného původu a ani příliš kvalitní. Bylo proto nutno uvažovat o introdukci nové kvalitní zvěře buď z Krušných hor, nebo ze středního Slovenska. Tento záměr začal být realizován v roce 1984 a do konce roku bylo přivezeno z oblasti Kriváně 14 ks. Realizací tohoto záměru se podařilo výrazně zkvalitnit stávající chov jak po stránce trofejí, tak po stránce konstituční – hmotnostní.

Cílové stavy byly v počátku obory určeny na základě doporučení Ing. Lochmana, pracovníka VÚLHM, na 300 ks. Později se ukázalo, že jsou tyto stavy vzhledem k úživnosti vysoké, a proto byly od roku 1986 sníženy na 250 ks s poměrem pohlaví 1:1. Obě tato opatření, introdukce a snížení stavů, se ukázala jako dobrá, o čemž svědčí výsledky posledních tří let. Pro názornost uvádíme, že v letech 1993 – 1995 bylo ze 74 trofejí II. a III. v. tř. 42% trofejí medailových, z čehož je jedna trofej zvlášť výrazná (236 bodů CIC).

V současné době z cílových stavů 250 ks připadá na jeleny I. v. tř. 45 ks, II. v. tř. 35 ks, III. v. tř. 20 ks. Laně 100 ks a kolouchy 50 ks s koeficientem očekávané produkce 0,7.

Jsme přesvědčeni, že jelení zvěř Boubínské obory je svou kvalitou na vysoké úrovni a snese kritické srovnání s ostatními chovy v naší republice.